Η Βενετοκρατία: 1207 - 1580

Κατά την Βυζαντινή εποχή και μεταγενέστερα κατά την διάρκεια την Φραγκοκρατίας, οι ακτές του Αιγαίου υπέφεραν από συνεχείς επιδρομές από πειρατές. Οι κάτοικοι του νησιού αναγκάστηκαν να μετακινηθούν σε πιο δύσβατες περιοχές και να τις οχυρώσουν. Κατασκεύασαν πύργους παρατηρητήρια εξοπλισμένα με καμπάνες ως συστήματα έγκαιρης προειδοποίησης.

Το 1207, η Σαντορίνη ενσωματώθηκε με το Δουκάτο του Αρχιπελάγους, με πρωτεύουσα την Νάξο που ήταν υπό την κυριαρχία του Βενετού Μάρκο Σανούδο ( κυβέρνησε μεταξύ 1207 - 1227).